نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

 اندرسون که یک برنامه نویس است متوجه شده که چیزی در دنیا درست نیست, او مدتی است که به دنبال رد پایی از شخصی به نام مورفیوس می گردد تا بتواند با او دیدار کند و برای سوالاتی که در ذهنش دارد جوابی پیدا کند! روزی این تماس از طریق دختری به نام ترینیتی صورت می گیرید و باعث می شود تا زندگی آقای اندرسون به طوری کامل تغییر پیدا و از دنیای ماتریکس بیدار شده تا دنیای واقعی را که سال ها از او مخفی شده بود را ببیند و…

لئونارد پارکر پس از جدایی از همسرش، کار جاسوسی را رها کرده و به رستوران‌داری روی آورده است. همسرش حاضر به صحبت با او نیست و دخترش که شغلش را بیشتر از لباس‌هایش عوض می‌کند، با مردی وارد رابطه شده که سنش برای پدر لئونارد بودن مناسب است! علاوه بر همه این‌ها، دولت از او خواسته تا دوباره بازگردد و جهان را نجات دهد.

داف اندرسون، کارگر راه‌آهن، تلاش می‌کند تا در جنوب آمریکا که درگیر جداسازی نژادی است، کرامت انسانی و ازدواج خود را با دختر یک کشیش حفظ کند.